A la par de la fundación del Seminario san Atón se abría la primitiva «librería» que ofrecía sustento científico a la preparación académica de los seminaristas. A pesar de que los recursos económicos eran escasos, esta biblioteca fue aumentándose gracias a donaciones de obispos como Solís y Grajera o Soto Mancera. LLegó a ser la primera biblioteca pública de la ciudad de Badajoz a finales del siglo XVIII.
El tesoro bibliográfico que custodia es incalculabre: más de 45.000 volúmenes y 100 títulosde revistas especializadas en diversas ramas del saber. Los fondos se organizan en torno a una clasificación temática, diseñada a finales del siglo XX. Entre sus fondos encontramos Ediciones Notables e incunables de finales del siglo XV.
Las grandes materias son: arte, bibliografía, derecho civil, filosofía, filología clásica, historia, literatura, sociología y teología.
Cuenta con una espaciosa infraestructura ubicada en el Seminario, remodelada recientemente. Es soporte en el estudio de ciencias religiosas y otras ramas del saber humanista. El acceso es libre.
Para conocer en profundidad la historia de la biblioteca puede consultarse el siguiente enlace.